Медицински факултет Универзитета у Нишу је јасно и осмишљено опредељен да систематски и организовано унапређује квалитет студија како би постао модеран, флексибилан, упоредив, конкурентан и ефикасан. У складу са Болоњским процесом континуирано се ради на подизању нивоа квалитета свих факултетских активности: наставе, система оцењивања базираног на увођењу Европског система за акумулацију и пренос кредита - ЕСПБ, научно-истраживачке делатности, академских докторских студија, специјалистичких и субспецијалистичких студија, система вредновања квалитета наставе од стране студената, квалитета уџбеника и литературе, издавачке делатности, опреме, избора наставника и сарадника, ненаставне подршке, процеса управљања и перманентног образовања.
Медицински факултет Универзитета у Нишу од 2002. године континуирано и темељито спроводи осмишљене активности у области реформе наставе и подизања нивоа квалитета. Еволуција тог процеса може се сагледати кроз континуирано унапређење организационих структура, почев од формирања Комисије за реформу наставе (2002. године) и Комисије за контролу квалитета (2003.), преко стварања Центра за праћење, обезбеђивање, унапређење и развој квалитета студијских програма, наставе и научноистраживачког рада, чије активности су усмерене ка унапређењу квалитета свих активности на Факултету.
У складу са новим Законом о високом образовању Наставно-научно веће Медицинског факултета на седници одржаној 15.11.2005. године донело је одлуку о образовању Центра за праћење, обезбеђивање, унапређење и развој квалитета студијских програма, наставе и научно-истраживачког рада. На седници Наставно-научног већа одржаној 29.10.2010. донета је одлука о преименовању Центра за праћење, обезбеђивање, унапређење и развој квалитета студијских програма, наставе и научноистраживачког рада у Центар за унапређење квалитета и изабрани су чланови Комисија у новом сазиву са мандатом од 3 године.
Систем обезбеђивања квалитета представљен је адекватном организационом структуром Центра за унапређење квалитета у оквиру које су дефинисани послови и задаци наставника, сарадника, студената и стручних комисија у доношењу и спровођењу стратегије, стандарда и поступака за обезбеђивање квалитета Медицинског факултета. Број чланова Центра, његов састав и структура, делокруг рада, права, обавезе и одговорности ближе су утврђени статутом Факултета, Правилником о обезбеђењу, контроли и унапређењу квалитета, као и Пословником о раду комисије за контролу квалитета наставе Медицинског факултета Универзитета у Нишу.
Центар је добио задатак да формулише правилнике и остала документа којима би се регулисао сам систем обезбеђења квалитета и да након њиховог формулисања, по потреби, ради на њиховом даљем развоју.
Статутом Медицинског факултета (члан 11) предвиђено је да, ради остваривања своје делатности, Центар образује следеће комисије: Комисију за осигурање квалитета наставе, Комисију за усклађивање студијских програма и процену оптерећења студената, Комисију за анализу ефикасности студирања, Комисију за праћење и унапређење квалитета научноистраживачког рада, као и друге комисије које Центар по потреби може основати.
Овако формиран Центар има за циљ да интегрише досадашње функције Комисије за контролу наставе, основане на седници Наставно-научног већа одржаној 28.10.2003. године, и обезбеди институционалну основу за пуну имплементацију система обезбеђења и контроле квалитета, који ће унапређивати рад Факултета као целине и дати основу за реалну процену доприноса сваког учесника у наставном процесу и научноистраживачком раду.
На седници Наставно-научног већа одржаној 06.02.2007. године именоване су поменуте комисије Центра:
У складу са Болоњском декларацијом, Медицински факултет у Нишу је приступио реформи која је заснована на захтевима савремених медицинскох студија у складу са европским стандардима. Истовремено је извршена и хармонизација програма (курикулума) на нивоу свих медицинских факултета у Србији, а у значајној мери и са факултетима у Европској унији. Међународна сарадња у свим аспектима делатности Факултета јесте стратешко опредељење за будући рад Факултета. Стратегијом контроле и унапређења квалитета, тј. програмом институционалне евалуације дефинисаће се јаке и слабе стране Факултета, првенствено у светлу мисије Факултета:
Факултет кроз своје образовне, истраживачке и здравствене активности, доприноси квалитетном и ефикасном образовању доктора медицине, доктора стоматологије, дипломираних фармацеута и струковних медицинских сестара-техничара, а чије знање и вештине одговарају и потребама и захтевима ширег простора. У циљу унапређења и очувању здравља ставновништва, Факултет остварује функционално и институционално повезивање са свим здравственим центрима у региону, пре свега наставним базама, а посебно са врхунским здравственим установама у земљи и иностранству.
Факултет ће оспособљавати студенте да буду компетентни у стеченим квалификацијама и настојати да омогући стицање неопходног знања за даље учење и усавршавање кроз докторске студије, струковне, академске и здравствене специјализације, као и кроз све облике и нивое континуираног образовања.
Факултет ће настојати да оствари свеобухватније прожимање образовне, истраживачке и здравствене делатности, кроз активније дидактичке приступе у наставном процесу који промовишу креативност, критички приступ и синтезу стечених знања и вештина.
Факултет ће настојати да створи окружење у коме ће студенти, наставници и сарадници моћи да остваре своја професионална интересовања и да унапреде своје знање, при чему ће сваки рад на обезбеђењу квалитета рада Факултета бити препознат, признат и вреднован.
Факултет је посвећен циљевима који подразумевају ширење образовних и научних искустава са посебним нагласком на даљи развој знања и стицање вештина које су активним и информисаним члановима друштва неопходне за интелектуално и технолошко прилагодјавање захтевима средине која је у процесу промена. У наредних десет година интенција Медицинског факултета биће да постане део интегрисаног европског простора образовања и истраживања у медицини и да буде један од добро оранизованих Факултета југоисточне Европе. Као јавна образовна институција у демократском друштву, Факултет се мора придржавати следећих начела:
У складу са наведеном мисијом и визијом, Центар за унапређење квалитета континуирано и систематски ради на подизању нивоа квалитета свих активности на Факултету (наставе, система оцењивања, научно-истраживачке делатности, последипломских студија, система контроле квалитета наставе и истраживања, перманентног образовања).
Основни принципи рада Центра, као саставни део стратегије обезбеђења квалитета су:
Најмање једном годишње Центар о свом раду подноси извештај Наставно-научном већу.
Медицински факултет Универзитета у Нишу је на седници Наставно-научног већа, одржаној 08.10.2007.године, на предлог Центра, усвојио Стандарде и поступке за самовредновање и обезбеђење квалитета Медицинског факултета Универзитета у Нишу, као документ доступан јавности, који садржи дефинисане стандарде квалитета и поступке за обезбеђење квалитета, посебно за сваку област обезбеђења квалитета, којима је на детаљан начин уређено поступање субјеката у систему обезбеђења квалитета ове установе.
Стратегијом обезбеђења квалитета Медицински факултет Универзитета у Нишу дефинише следеће приоритетне области обезбеђења квалитета:
Медицински факултет, Универзитета у Нишу, кроз активности Центра и свих субјеката система обезбеђења квалитета, спроводи низ активности, као мере за обезбеђење квалитета:
Рад Центра је отворен за увид јавности.